Die Dienststelle Militär führt das militärische Kontrollwesen, überwacht die ausserdienstliche Schiesspflicht und ist für den Vollzug der ausserdienstlichen Disziplinarstrafen im Kanton verantwortlich.
Zudem veranlasst sie die Wehrpflichtersatzabgabe und bereitet die Stellungspflichtigen anlässlich von Orientierungstagen auf die Rekrutierung vor.
Sie amtet als militärische Auskunfts- und Anlaufstelle, behandelt Dienstverschiebungsgesuche und führt die Entlassung aus der Wehrpflicht aller Armeeangehörigen des Kantons Obwalden durch.